1、代谢物的结构鉴定：质谱（MS）：将代谢物通过质谱仪进行分析，以获得其质量/电荷比的信息，这有助于推断分子质量和可能的结构。核磁共振（NMR）光谱：对代谢物进行NMR光谱分析，获得其氢原子和碳原子的化学环境信息，进一步推断其结构。红外（IR）光谱：通过IR光谱分析，可以获得代谢物中功能团的信息。
2、一般有如下几点： 数据预处理。如缺失值过滤填充、数据归一化等。 数据质控。包括CV分布、QC等。 统计分析。包括单变量、多变量等。 功能分析。包括Pathway、网络分析、Biomarker筛选等。
3、然而，在其他技术目前正在使用的，在其各种质谱联用导（液相色谱，质谱，气相色谱，质谱等）和核磁共振平台（MS）的主宰代谢组学文学。这两个平台，平台是在毒物代谢组学应用的更好的真正答案Solomonic时尚，所以是“看情况”。表1提供了一个平台，两个毒理学分析时，比较可能找到有用考虑到它们对代谢组学分析的潜力。
4、样品种类多：生物流体（血液、尿、唾液、肠道微生物）、环境样品、细胞、动植物组织、污水、药品、食品。化合物涵盖广：包括脂类、维生素、核苷酸、神经递质等700种代谢产物，涵盖所有主要代谢途径。分析时间短：我们的方法能在30min同时测定并准确鉴定出700种化合物。
通过相应的定性数据处理软件对数据进行解卷积及定性分析（比如未知物分析软件），然后将解卷积之后的色谱峰结果导出CSV格式的文件或者CEF文件，然后再导入到专业的统计学软件（比如安捷伦的Mass Profiler Professional软件）进行主成分分析等统计学的分析。
数据预处理：峰匹配和归一化：对以上结构鉴定得到的数据进行预处理，包括峰匹配、归一化处理，确保数据质量适合进行PCA分析。主成分分析（PCA）：数据导入：将处理后的代谢物数据导入统计软件或专用的生物信息学工具。
主成分分析（PCA）和偏最小二乘法（PLS）是对变量数超过样本数量或变量之间存在多重共线性的组学数据进行可视化、回归、分类和特征选择的常用方法。
masshunter把质谱图的每一个峰值列出来的步骤如下：打开MassHunter软件，导入要分析的质谱图数据。在软件的主界面中，选择“定性分析”或“定量分析”选项。在质谱图显示区域中，使用鼠标拖动或使用工具栏中的选择工具来选择要列出的峰值。
用积分色谱图。根据查询仪器信息网显示，截止于2023年8月11日，用积分色谱图后，会得到所需各个峰的峰面积。MassHunter定量分析软件是一款行业领先的质谱定量分析软件，适用于制药、食品、环境、能源和法医毒理学检测领域。
打开质谱软件：首先，打开你所使用的质谱软件，并确保你已经加载了需要进行分析的质谱数据。 导入数据：将需要进行分子式搜索的质谱数据导入到软件中。这可以是从仪器获取的原始数据或者是已经进行过预处理的数据。 进行分子式搜索：在质谱软件的功能菜单中，找到分子式搜索的选项。
